Épidémiologie.md

@@ -115,11 +115,66 @@ end
 Il nous faut maintenant modéliser la propagation de l'épidémie. La couleur de nos tortues va servir à coder l'état :
 S blanche, I rouge et enfin R vert. Pour chaque tortue on calculera la durée de son infection, cette durée sera la
 même pour toutes. Notre simulation se fera avec un pas de temps discret et la génération  `i+1` sera déterminée en
-fonction de la génération  `i`. L'état des tortues sera donc modifié qu'en fin de calcul de chaque génération.
+fonction de la génération  `i`. L'état des tortues sera donc modifié qu'en fin de calcul de chaque génération. On fixe également au départ des tortues qui sont infectées.
 
+```code
+turtles-own[
+  futur-etat
+  duree-maladie
+]
+
+;======================================
+; Initialisation de nos pauvres tortues
+;======================================
+
+turtles-own[
+  futur-etat
+  duree-maladie
+]
+
+;
+; Initialisation des tortues
+; - la couleur code l'état blanche = S, rouge = I, vert = R
+; - position aléatoire
+; - non infectée (blanche)
+to initialisation-tortues
+  create-turtles population-initiale [
+    set futur-etat white
+    set size 0.5
+    set duree-maladie 0
+    setxy random-pxcor random-pycor
+  ]
+end
+
+;
+; On tire au hasard nb-premiere-infectee tortues.
+; Leur état change donc.
+;
+to souche-infection
+  ask n-of nb-premiere-infectee turtles [
+    set futur-etat red
+  ]
+end
+```
+
+L'épidémie a donc maintenant démarrée, nous allons maintenant modéliser sa propagation avec un modèle SIR. Dans un premier temps modélisons `S -> I`, autrement dit la contamination. Chaque tortue `S` (blanche) va compter dans son voisinage le nombre de tortues `I`. Une tortue `S` sera alors contaminée en fonction de la probabilité de transmission et bien sur également aussi en fonction du nombre de tortues `I. Pour cela on réalise un tirage aléatoire. Une tortue nouvellement contaminée voit son `futur-etat` devenir `red`. 
 
 ```code
+;
+; Contamination S -> I
+; On compte le nombre de voisines infectées en fonction de la distance
+; La contamination se fait en fonction d'une probabilité
+;
+to infection-des-saines
+  ask turtles with [color = white] [
+   let nombre-de-voisines-infectees  (count other turtles with [color = red] in-radius distance-non-sociale)
+   if (random-float 1 <  1 - (((1 - proba-de-transmission) ^ nombre-de-voisines-infectees)))
+    [set futur-etat red]
+  ]
+end
+```
 
+```code
 ; Le variables globales
 ; max-infectes : on compte le nombre de malade
 ;
@@ -277,6 +332,5 @@ to execute
   bouge
   tick
 end
-
 ```