Épidémiologie.md

@@ -188,165 +188,13 @@ to fin-maladie
 end
 ```
 
-
-
-```code
-; Le variables globales
-; max-infectes : on compte le nombre de malade
-;
-globals [
-  initialisation?
-  max-infectes
-  cumul-contacts
-]
-
-
-;======================================
-; Initialisation de nos pauvres tortues
-;======================================
-
-turtles-own[
-  futur-etat
-  duree-maladie
-]
-
-;
-; Initialisation des tortues
-; - la couleur code l'état blanche = S, rouge = I, vert = R
-; - position aléatoire
-; - non infectée (blanche)
-to initialisation-tortues
-  create-turtles population-initiale [
-    set futur-etat white
-    set size 0.5
-    set duree-maladie 0
-    setxy random-pxcor random-pycor
-  ]
-end
-
-;
-; On tire au hasard nb-premiere-infectee tortues.
-; Leur état change donc.
-;
-to souche-infection
-  ask n-of nb-premiere-infectee turtles [
-    set futur-etat red
-  ]
-end
-
-to initialisation
-  ca
-  if (alea-fixe) [random-seed 19]
-  set max-infectes 0
-  initialisation-tortues
-  souche-infection
-  maj-etat
-  set initialisation? true
-  reset-ticks
-end
-
-to reset
-  ask turtles [die]
-  set max-infectes 0
-  set cumul-contacts 0
-  initialisation-tortues
-  souche-infection
-  maj-etat
-  reset-ticks
-end
-
-
-;=============================
-; La simulation, le modèle SIR
-;=============================
-
-;
-; Déplacement des tortues. On pourrait avoir un déplacement plus sophistiqué.
-;
-to bouge
-   ask turtles [
-    right random 360
-    forward pas
-  ]
-end
-
-;
-; Contamination S -> I
-; On compte le nombre de voisines infectées en fonction de la distance
-; La contamination se fait en fonction d'une probabilité
-;
-to infection-des-saines
-  ask turtles with [color = white] [
-   let nombre-de-voisines-infectees  (count other turtles with [color = red] in-radius distance-non-sociale)
-   if (random-float 1 <  1 - (((1 - proba-de-transmission) ^ nombre-de-voisines-infectees)))
-    [set futur-etat red]
-  ]
-end
-
-;
-; Les infectées sortent de la maladie, elles deviennent remise I -> R
-;
-to fin-maladie
-  ask turtles with [color = red]
-  [
-    if (duree-maladie > duree-contagion) [ set futur-etat green]
-  ]
-end
-
-
-;=============================
-; Informations sur l'évolution
-;=============================
+Nous avons donc notre modèle, il nous reste à mettre à jour à chaque pas de simulation l'état de nos tortues.
+```
 to maj-etat
   ask turtles [
     set color futur-etat
     if (color = red) [set duree-maladie duree-maladie + 1]
   ]
 end
-
-to maj-nb-contacts
-  let cumul 0
-  ask turtles with [color = red]
-  [
-    set cumul cumul + count turtles with [color = white] in-radius distance-non-sociale
-  ]
-  set cumul-contacts cumul
-end
-
-to-report prop-max-infecte
-  report max-infectes * 100 / population-initiale
-end
-
-to-report en-bonne-sante
-  report (count turtles with [color = white or color = green]) * 100 / population-initiale
-end
-
-to-report nb-contacts-moyen-par-tick
-  let n count turtles with [color = red]
-  if-else (n = 0)
-  [ report 0 ]
-  [ report cumul-contacts / n]
-end
-
-
-to-report R0
-  report nb-contacts-moyen-par-tick * proba-de-transmission * duree-contagion
-end
-
-;
-; Lancement de la simulation
-;
-to execute
-  let n count turtles with [color = red]
-  if (n = 0) or (n = population-initiale) [stop]
-  infection-des-saines
-  fin-maladie
-  maj-etat
-  let nb-infectes (count turtles with [color = red])
-  if (nb-infectes > max-infectes) [set max-infectes nb-infectes]
-  maj-nb-contacts
-  bouge
-  tick
-end
 ```